Le nom Thunderbee est un clin d'oeil à Thunderbird (TM) développé par la fondation Mozilla.
Il vient de la fusion des deux mots de "Thunder" et "Business". Thunderbusiness devient thunderb (première lettre du mot business) et donc Thunderbee :).
Le lien de parenté des deux programmes s'arrête à la technologie utilisée pour le développement de l'interface du programme client : XUL (prononcer Zoul) et son environnement d'exécution : Xulrunner.